宝可梦掌握技能的途径是多样且成体系的，主要分为升级自然领悟、使用技能机器、学习秘传机以及接受特定NPC的教学。升级技能是每只宝可梦成长过程中自动学会的，其学习顺序和等级由游戏内置数据决定，为宝可梦提供了基础的技能配置。技能机器则为玩家提供了高度的自定义空间，游戏内共包含数十种TM技能，涵盖攻击、变化等多种类型，允许玩家根据战术需要灵活调整宝可梦的技能组合。秘传机技能则较为特殊，它们通常用于地图探索，如砍树、照亮洞穴或跨越水域，虽然可以在战斗中使用，但一旦学会便无法被普通技能替换。散布在游戏世界各地的特定NPC会传授一些稀有或独特的技能，这构成了技能获取的另一重要来源，玩家需要通过推进剧情或探索隐藏地点来接触这些教学机会。
游戏主线的推进，玩家会在特定剧情节点获得关键的秘传机技能，这些技能是解锁新区域、继续冒险的必要条件。在圣安奴号游轮上帮助船长后，可以获得用于清除小树障碍的居合斩；在月见山深处完成事件后，有机会学习到强力的百万吨拳击等攻击技能；而为了穿越黑暗的岩山隧道，则需要从博士助手处取得闪光术。这些技能的获取并非随意，而是紧密嵌合在游戏的叙事和地图设计之中，玩家必须按部就班地完成挑战、解决事件，才能逐步解锁整个关都地区的探索权限，并增强队伍的综合能力。
技能的选择与搭配深刻影响着战斗效率，其核心在于理解并运用属性相克机制。游戏延续了经典的属性克制体系，例如水系技能对岩石与火系宝可梦效果显著，而电系技能则能有效针对飞行系和水系。为队伍中的宝可梦配置涵盖不同属性的技能，以应对各种类型的对手，是基本的战术考量。还需要平衡技能的威力、命中率、附加效果与PP值。高威力技能往往使用次数有限，而一些具备麻痹、中毒等状态效果或能降低对手能力的技能，则可能在持久战中创造优势。玩家需要根据对手阵容和战斗阶段，灵活选择最佳的技能释放策略。
尤其是挑战各系道馆馆主和联盟四天王时，针对性的技能配置显得尤为重要。面对岩石系道馆时，水系和草系技能会成为关键；而在应对格斗系对手时，超能力系或飞行系技能则能发挥克制作用。这要求玩家不仅培养一支属性丰富的队伍，还要确保队伍成员能够通过学习机器或升级，掌握足够多打击面广泛的技能。合理预判对手的行动，利用属性克制造成双倍伤害，或使用变化技能干扰对手节奏，是取得高水平对战胜利的常见思路。
到了游戏中后期，可获取的技能机器种类增加以及宝可梦最终进化形态的达成，技能配置的深度和自由度会进一步提升。玩家可以专注于打造所谓的双刀流宝可梦，即同时具备高物理攻击和特殊攻击能力，并配以相应技能的组合，使对手难以防范。游戏也提供了技能遗忘机制，允许玩家在特定地点让宝可梦遗忘已学会的技能，这为不断优化和尝试新的技能组合提供了可能，使得对战策略不再是一成不变。通过精心的技能规划与搭配，即使是看似普通的宝可梦，也能在训练家手中发挥出超越种族的实战价值。
