开启三周目冒险，首先得确保你已经完成了二周目的全部内容。通关二周目后，记得去找大木博士升级图鉴到386版，这是解锁后续内容的关键步骤。升级完图鉴后，直接前往港口坐船，目的地是1号岛的火焰山。下船后往右走会遇到两名火箭队成员，击败他们进入山洞，使用怪力技能推动石头找到红宝石。带着红宝石回到博士那里，就能获得前往其他岛屿的船票，三周目的旅程才算正式开启。
刚下船就会遇到劲敌小茂，不过这次他不会主动对战。在4号岛的商店旁边有个小屋，和里面的人对话后，前往右侧的冰洞探险。这里地形比较复杂，冰面需要借助石头改变方向，最深处能拿到登瀑布技能。之后在岛屿的瀑布使用该技能，会遇到四大天王之一的冰天王，战胜他能获得重要口令。记得在4号岛顺便培育精灵，这里的环境很适合提升队伍实力。
接下来坐船去5号岛，左上角冲浪后遇到一位老伯，对话获得波克比的蛋。继续前进会发现一个小岛，岛上的山洞是迷宫结构，收集齐五个道具后会被NPC带回家。之后前往6号岛，用居合斩打开南边的门，触发剧情拿到蓝宝石。记得把蓝宝石交给博士修理机器，这是解锁7号岛的必要条件。7号岛南边废墟能抓到安侬，华蓝市左边的山洞深处则藏着超梦，建议准备好高级精灵球再前往。
8号岛山洞岔路向右向下能遇到洛奇亚，9号岛需要解谜三角形机关，变红后会出现30级的迪奥西斯。整个三周目流程大约需要10小时，重点在于探索岛屿和收集特殊道具。如果遇到卡关，多和岛屿上的NPC对话获取线索，他们往往会给出关键提示。
三周目相比前两周目增加了更多隐藏要素，比如通过特定方式才能触发的神兽战斗。队伍里最好配备会冲浪、怪力、闪光等技能的精灵，方便应对复杂地形。完成所有岛屿任务后，系统不会明确提示三周目结束，但你已经解锁了游戏的全部内容，可以自由挑战训练师或继续完善图鉴。
