选择合适的宠物伙伴是冒险成功的关键。初始阶段可以从傲骨燕、小火龙和妙蛙种子三选一，每只都有独特属性和技能路线。小火龙后期进化为喷火龙后拥有出色的火系攻击能力，妙蛙种子则凭借草/毒双属性和续航技能成为稳健选择，而杰尼龟进化后的水箭龟攻防均衡。这三只御三家成长性强，适合长期培养，但要注意属性克制关系，比如小火龙前期对岩石系道馆会处于劣势。
耿鬼作为幽灵/毒系混合，拥有高速度和强力控制技能如催眠术，搭配影子球能有效压制超能力系对手。宝石海星则是水/超能系全能选手，特攻和速度突出，技能池覆盖冲浪、十万伏特、急冻光线等广打击面招式，后期面对多种敌人都能应对。在月见山可以遇到皮皮，虽然前期战斗力一般，但进化为皮可西后能学会丰富的辅助技能。
卡比兽是游戏中最强肉盾之一，高HP和防御配合睡觉+梦话组合能持续作战，滚动技能在强化后威力惊人。快龙则属于准神级龙系，虽然需要耐心培养哈克龙到55级才能进化，但成型的快龙拥有毁灭性的龙系输出，搭配飞行系技能能压制格斗系和草系对手。在无人发电厂可以捕捉电击兽，进化后电击魔兽的电系技能能有效针对水系和飞行系敌人。
隐藏宠物方面，超梦是必须提及的传说级存在。在通关后前往华蓝洞窟，用大师球捕捉这只超能力系神兽，其种族值总和高达680，精神干扰和破坏光线的组合几乎无解。三圣鸟中的急冻鸟和闪电鸟也值得收集，前者在双子岛深处，后者在无人发电厂，火焰鸟则在冠军之路，它们都拥有专属技能和强大属性优势。
胆小性格适合耿鬼和雷精灵这类速攻手，提升速度削弱攻击；固执性格则适合卡比兽这类物攻手，提升攻击削弱特攻；保守性格对宝石海星等特攻型最有利。在沙吉市可以找遗忘爷爷删除无用技能，比如用TM28挖洞替换低威力技能，让技能组合更合理化。
最终阵容建议保持属性平衡，避免被单一属性克制。经典组合如喷火龙+水箭龟+雷精灵+耿鬼+快龙+超梦能覆盖大部分战斗场景。记住通过战斗提升亲密度触发特定进化，比如伊布需要亲密度进化为月精灵或太阳精灵。多利用饲育屋培养高个体值宠物，后期在七岛还能获得化石复活机会扩充图鉴。
